Ο Θωμάς Μαλούτας είναι ομότιμος Καθηγητής στο Τμήμα Γεωγραφίας του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου.
Διετέλεσε Διευθυντής του Ινστιτούτου Αστικής & Αγροτικής Κοινωνιολογίας του Εθνικού Κέντρου Κοινωνικών Ερευνών (EKKE) (2001-2012), Καθηγητής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας (1991-2009) και Γενικός Γραμματέας Έρευνας & Τεχνολογίας (2015-2016). Το έργο του αφορά τις κοινωνικές δομές στις μεγάλες πόλεις και τις μεταβολές τους κατά την περίοδο της παγκοσμιοποίησης. Επικεντρώνεται σε ζητήματα κοινωνικού διαχωρισμού σε συνάρτηση με τα στεγαστικά και ευρύτερα προνοιακά συστήματα, κυρίως στη Νότια Ευρώπη και, ιδιαίτερα, στην Αθήνα.
Είναι επίσης επιμελητής του Κοινωνικού Άτλαντα της Αθήνας.