Ο Ιωάννης Ζαϊμάκης είναι Καθηγητής στο γνωστικό αντικείμενο "Κοινωνιολογία των Τοπικών Κοινωνιών και του Πολιτισμού" στο Τμήμα Κοινωνιολογίας του Πανεπιστήμιο Κρήτης.
Είναι πτυχιούχος των Τμημάτων Κοινωνιολογίας (Πάντειο Πανεπιστήμιο) και Κοινωνικής Εργασίας (Τ.Ε.Ι Ηρακλείου). Κατέχει Μεταπτυχιακό στην «Ανοικτή και Εξ Αποστάσεως Εκπαίδευση» από το Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο. Εκπόνησε τη διδακτορική του διατριβή στο Τμήμα Ψυχολογίας (Πάντειο Πανεπιστήμιο) με τίτλο «Αστικός χώρος και πολιτισμική διαφοροποίηση: ο κοινωνικός κόσμος του Λάκκου και η ποιητική της μαγκιάς». Έχει διδάξει στα Τμήματα Κοινωνιολογίας (Πανεπιστήμιο Κρήτης), Κοινωνικής Διοίκησης (Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης), Κοινωνικής Εργασίας (ΤΕΙ Κρήτης) και στο Πρόγραμμα Σπουδών «Ελληνικός Πολιτισμός» (Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο). Ακόμη έχει διδάξει σε μεταπτυχιακά προγράμματα, Κοινωνιολογία (Παν. Κρήτης), Αθλητικές Σπουδές: Κοινωνιολογία, Ιστορία Ανθρωπολογία (ΕΑΠ), Κοινωνική Εργασία (ΤΕΙ Αθήνας). Διετέλεσε Πρόεδρος στο Τμήμα Κοινωνιολογίας από το 2016. Είναι Διευθυντής του Εργαστηρίου Κοινωνικής Ανάλυσης και Εφαρμοσμένης Κοινωνικής Έρευνας του Πανεπιστημίου Κρήτης από το 2015 (http://sociology.soc.uoc.gr/ekaeke/). Ήταν επίσης Αντιπρόεδρος του Τμήματος και μέλος σε μια σειρά επιτροπών του Τμήματος Κοινωνιολογίας (Παν. Κρήτης) και Κοινωνικής Διοίκησης (ΔΠΘ).
Έχει συμμετοχή ως επιστημονικός υπεύθυνος ή κύριος ερευνητής σε σειρά ερευνητικών έργων που αφορούν ζητήματα των τοπικών κοινωνιών, κοινωνικής παρέκκλισης, ευάλωτων κοινωνικών ομάδων και λαϊκού πολιτισμού. Το συγγραφικό του έργο αφορά μελέτες στα πεδία των τοπικών κοινωνιών και της τοπικής ανάπτυξης, πολυπολιτισμικότητας και λαϊκού πολιτισμού, κοινωνικής προστασίας ευάλωτων ομάδων, κοινωνικής ιστορίας του αθλητισμού (Βιβλία: Καταγώγια Ακμάζοντα: Παρέκκλιση και Πολιτισμική Δημιουργία στο Λάκκο Ηρακλείου 1900-1940, Αθήνα, Πλέθρον∙ Κοινοτική Εργασία και Τοπικές Κοινωνίες: Ανάπτυξη Συλλογική Δράση, Πολυπολιτισμικότητα, Πλέθρον∙ Τοπικός χώρος και πολυπολιτισμικότητα: Σάπες-Θράκη (συν-συγγραφή με την Θ. Καλλινικάκη), Ελληνικά Γράμματα∙ Εργοτέλης 1929-2009: Ψηφίδες της κοινωνικής ιστορίας ενός φιλοπρόοδου σωματείου, Αλεξάνδρεια. Επιμέλειες συλλογικών τόμων: Ερευνητικές Διαδρομές στις Κοινωνικές Επιστήμες: Θεωρητικές-μεθοδολογικές συμβολές και μελέτες περίπτωσης, Πανεπιστήμιο Κρήτης∙ Δίκτυα κοινωνικής προστασίας: Μορφές παρέμβασης σε ευπαθείς ομάδες και πολυπολιτισμικές κοινωνίες, (με την Α. Κανδυλάκη)∙. Ποδόσφαιρο και κοινότητες οπαδών: αντιπαλότητες και πολιτικές της ταυτότητας, με το Ν. Κοταρίδη) Πλέθρον 2013∙ Αθλητισμός και Κοινωνία στην Ελλάδα: Κοινωνιολογικές και ιστορικές προσεγγίσεις, (με την Ε. Φουρναράκη) Αλεξάνδρεια). Διαθέτει επίσης πληθώρα δημοσιεύσεων σε επιστημονικά περιοδικά (ελληνικά και διεθνή), συλλογικούς τόμους και Πρακτικά Συνεδρίων.