Η δημιουργία του «Περιφερειακού Παρατηρητηρίου Κοινωνικής Ένταξης στην Περιφέρεια Κρήτης» εγκρίθηκε το 2015 στο πλαίσιο της επικύρωσης της Περιφερειακής Στρατηγικής Καταπολέμησης της Φτώχειας και Κοινωνικής Ένταξης Κρήτης (ΠΕΣΚΕ Κρήτης) καθώς και της αντίστοιχης Εθνικής Στρατηγικής (ΕΣΚΕ). Θεσμοθετήθηκε, όπως όλα τα αντίστοιχα Παρατηρητήρια στην Ελλάδα, με τον Ν.4445/2016 "Εθνικός Μηχανισμός (ΕΜ) Συντονισμού, Παρακολούθησης και Αξιολόγησης των Πολιτικών Κοινωνικής Ένταξης και Κοινωνικής Συνοχής, ρυθμίσεις για την κοινωνική αλληλεγγύη και εφαρμοστικές διατάξεις του ν. 4387/2016 (Α' 85) και άλλες διατάξεις". Ο Εθνικός Μηχανισμός (ΕΜ) συντονίζεται από το Υπουργείο Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων. Το Περιφερειακό Παρατηρητήριο Κοινωνικής Ένταξης εντάχθηκε ως Αυτοτελές Τμήμα στον Οργανισμό της Περιφέρειας Κρήτης, με σχετική Απόφαση του Περιφερειακού Συμβουλίου Κρήτης και της απόφασης έγκρισης της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Κρήτης με αριθμ. 8847/13-07-2018. Περιλαμβάνεται επίσης στο νέο Οργανισμό της Περιφέρειας Κρήτης, ΦΕΚ 762/26-02-2021, άρθρο  39, ως "Αυτοτελές Τμήμα Περιφερειακού Παρατηρητηρίου Κοινωνικής Ένταξης". 

Σύμφωνα με τον Ν. 4445/2016 και τον Οργανισμό της Περιφέρειας Κρήτης: 

"1. Στις αρμοδιότητες του Αυτοτελούς Τμήματος Περιφερειακού Παρατηρητηρίου Κοινωνικής Ένταξης υπάγονται οι αρμοδιότητες που ασκεί η Περιφέρεια στο πλαίσιο της εκπλήρωσης του σκοπού του Εθνικού Μηχανισμού Συντονισμού, Παρακολούθησης και Αξιολόγησης των Πολιτικών Κοινωνικής Ένταξης και Κοινωνικής Συνοχής (Εθνικός Μηχανισμός ή ΕΜ) ο οποίος συνίσταται στον σχεδιασμό, τον συντονισμό, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση οριζόντιων πολυτομεακών πολιτικών κοινωνικής ένταξης και κοινωνικής συνοχής.

2. Η λειτουργία του Παρατηρητηρίου αποσκοπεί:

α. στην αποτελεσματική παρακολούθηση και τον συντονισμό των στόχων, οι οποίοι εξειδικεύονται στο πλαίσιο της Περιφερειακής Στρατηγικής Κοινωνικής Ένταξης (ΠΕ.Σ.Κ.Ε), 

β. στην ανάδειξη τοπικών αναγκών σε θέματα πολιτικών κοινωνικής προστασίας, πρόνοιας και αλληλεγγύης,

γ. στη διαβίβαση στοιχείων και πληροφοριών στο Εθνικό Γεωπληροφοριακό Σύστημα (Ε.ΓΠ.Σ.) του Εθνικού Μηχανισμού,

δ. στην αποτύπωση και χαρτογράφηση των χωρικών διαστάσεων της φτώχειας και του κοινωνικού αποκλεισμού.

3. Ως πυλώνας της κοινωνικής ένταξης σε αυτοδιοικητικό επίπεδο, το Παρατηρητήριο προωθεί ιδίως τις ακόλουθες δράσεις:

α. την εκπόνηση ετήσιας Περιφερειακής Έρευνας Εισοδήματος και Συνθηκών Διαβίωσης για τη διαπίστωση των επιπτώσεων συγκεκριμένων πολιτικών στη βελτίωση της ποιότητας ζωής των κατοίκων της οικείας Περιφέρειας,

β. την ανάπτυξη και εφαρμογή εργαλείων και δεικτών παρακολούθησης των διαδικασιών κοινωνικής ένταξης των ωφελούμενων της ΠΕ.Σ.Κ.Ε., ιδίως σε ζητήματα που άπτονται της ένταξης στην αγορά εργασίας και της ανάπτυξης οικονομικής δραστηριότητας,

γ. την παρακολούθηση και καταγραφή κοινωνικών φαινομένων, όπως ακραία φτώχεια, υπερχρεωμένα νοικοκυριά και την αντιμετώπιση κοινωνικών προβλημάτων, ιδιαίτερα των ευάλωτων πληθυσμιακών ομάδων,

δ. τη δημιουργία διαδικτυακής πύλης για την καταγραφή της φτώχειας και του κοινωνικού αποκλεισμού, τη συλλογή, επεξεργασία και ανάλυση συγκεντρωτικών στοιχείων στατιστικού χαρακτήρα και αναφορών κοινωνικών φαινομένων σε περιφερειακό και τοπικό επίπεδο, καθώς και δράσεων της περιφερειακής στρατηγικής".

Το Περιφερειακό Παρατητηρητήριο Κοινωνικής Ένταξης της Περιφέρειας Κρήτης βρίσκεται σε πλήρη λειτουργία από τον Σεπτέμβριο του 2020 με τη χρηματοδοτική στήριξη του Ε.Π. "Κρήτη 2014-2020" (ΕΣΠΑ 2014-2020) και  τη συγχρηματοδότηση του Ευρωπαϊκού Κοινωνικού Ταμείου (ΕΚΤ), για την περίοδο 2020-2023.